Clasificación por "personajes naturales"
Linneo no consideraba que el sistema sexual fuera su principal contribución hacia la "reforma de la botánica" a la que aspiraba. Su principal contribución fue en forma de un folleto, Fundamenta Botanica (1736; "Los fundamentos de la botánica"), que enmarca los principios y reglas a seguir en la clasificación y denominación de las plantas.
En 1735, Linneo conoció a Boerhaave, quien presentó a Linneo a George Clifford, un comerciante y banquero inglés local que tenía estrechas conexiones con la Compañía Holandesa de las Indias Orientales. Impresionado por el conocimiento de Linneo, Clifford le ofreció a Linneo un puesto como conservador de su jardín botánico. Linnaeus aceptó el puesto y aprovechó esta oportunidad para ampliar ciertos capítulos de Fundamenta Botanica en publicaciones separadas: Bibliotheca Botanica (1736; "The Library of Botany"); Critica Botanica (1737; "Una crítica de la botánica"), sobre nomenclatura botánica; y Clases Plantarum (1738; "Clases de plantas"). Aplicó el marco teórico establecido en estos libros en otras dos publicaciones: Hortus Cliffortianus (1737), un catálogo de las especies contenidas en la colección de Clifford; y Genera Plantarum (1737; "Genera of Plants"), que modificó y actualizó las definiciones de géneros de plantas ofrecidas por primera vez por Tournefort.
Linnaeus consideraba que Genera Plantarum era su mayor logro taxonómico. En contraste con los intentos anteriores de otros botánicos en la definición genérica, que procedió de un conjunto de divisiones arbitrarias, Genera Plantarum presentó un sistema basado en lo que Linneo llamó los "caracteres naturales" de los géneros: descripciones morfológicas de todas las partes de flores y frutas. A diferencia de los sistemas basados en divisiones arbitrarias (incluido su propio sistema sexual), un sistema basado en caracteres naturales podría acomodar el creciente número de nuevas especies, que a menudo poseen diferentes características morfológicas, que ingresan a Europa desde sus puestos comerciales y colonias en el extranjero.
La distinción de Linneo entre clasificaciones artificiales y naturales de organismos, sin embargo, planteó la cuestión del mecanismo que permitía a los organismos caer en jerarquías naturales. Solo pudo responder a esta pregunta con respecto a las especies: las especies, según Linneo, eran similares en forma porque derivaban del mismo par parental creado por Dios al comienzo del mundo. Muchos de sus contemporáneos compartieron un concepto de especie similar. Uno de esos personajes notables fue el naturalista francés Georges-Louis Leclerc de Buffon, quien se involucró en un proyecto de historia natural similar que lo abarcaba todo en ese momento, aunque Buffon dudaba de la existencia de géneros, órdenes o clases naturales. Linneo intentó explicar la existencia de estas divisiones en el contexto de la hibridación; sin embargo, la cuestión de las jerarquías naturales no recibiría una respuesta satisfactoria hasta que el naturalista inglés Charles Darwin explicara la similitud por descendencia común en su Origen de las especies (1859).
