Bosnia, con su población étnica mixta, nunca desarrolló símbolos nacionales distintivos propios. Bajo la Yugoslavia liderada por los comunistas desde 1946 hasta 1991-1992, por ejemplo, la República Socialista de Bosnia y Herzegovina simplemente usó una bandera roja con una versión pequeña de la bandera nacional yugoslava en el cantón. En el momento en que se proclamó la independencia el 3 de marzo de 1992, no existía ninguna bandera que fuera aceptable para los bosnios, serbios y croatas del país. Por lo tanto, el gobierno dominado por los bosnios adoptó lo que esperaba que fuera un símbolo neutral del pasado lejano. Escogió el escudo de armas utilizado por el rey Stjepan Tomaš (reinó entre 1443 y 1461), que atribuyó al mayor gobernante bosnio medieval, Tvrtko I (1377–91). Ese escudo azul con una franja diagonal blanca que separaba seis flores de lis doradas se colocó en el centro de una bandera blanca. La versión artística, adoptada oficialmente el 4 de mayo de 1992, fue creada por Zvonimir Bebek.
Esta bandera fue rechazada por muchos croatas y serbios cuando la nación entró en guerra civil. Los acuerdos de paz firmados en Dayton, Ohio, EE. UU., A fines de 1995, reconocieron la división del país entre la República Serbia y la Federación de Bosnia y Herzegovina, a menudo llamada federación croata-musulmana. Cada estado tenía sus propios símbolos, y los croatas continuaron usando la bandera croata con preferencia a la bandera de la federación, pero la bandera de la república de 1992 todavía era reconocida internacionalmente.
Los acuerdos de 1995 exigían la creación de una bandera para reemplazar el diseño de 1992, pero la legislatura nacional fue ineficaz a este respecto. Así, las Naciones Unidas establecieron una nueva bandera (4 de febrero de 1998) que no podía vincularse simbólicamente a un solo grupo étnico, religioso o político.
