El Concilio de Trento.
En mayo de 1536, el Papa Pablo publicó una bula de convocatoria para su concilio propuesto que se celebraría en Mantua. También autorizó a un grupo selecto de cardenales para elaborar un informe sobre los abusos dentro de la iglesia. Guiado por el cardenal Gasparo Contarini, este grupo denunció la ordenación de sacerdotes mal preparados, la selección de obispos incompetentes, la acumulación de beneficios y la decadencia de las órdenes religiosas, la predicación y el cuidado de las almas. Sin embargo, el informe cayó en manos protestantes y fue utilizado por Lutero en un ataque violento contra la Iglesia romana y el papado. Sin embargo, el Papa siguió sus planes de celebrar el consejo, programado para abrir el 23 de mayo de 1537 en Mantua. Con infinita paciencia, Paul buscó superar la oposición del emperador, reyes, prelados y príncipes, prorrogando y posponiendo la apertura del consejo una y otra vez en el transcurso de nueve años, pero finalmente logró que su legado, el cardenal Giovanni del, lo inaugurara. Monte, en Trent el 13 de diciembre de 1545.
En deferencia al clamor de los protestantes, el emperador insistió en que el consejo se limitara principalmente a tratar con la disciplina y la reforma. Sin embargo, la decisión del Papa de que los asuntos doctrinales tengan prioridad prevaleció y, en sus primeras sesiones, el Concilio de Trento elaboró decretos sobre el canon de las Escrituras, el pecado original, la justificación y los sacramentos, así como sobre la reforma. El temor a la peste y la amenaza de un ataque de las fuerzas protestantes armadas indujeron al Papa a aceptar la transferencia del consejo a Bolonia en febrero de 1548. Pero el Emperador prohibió a los prelados españoles y alemanes que fueran a Bolonia, y el Papa tuvo que suspender el Consejo el 17 de septiembre de 1549. Sin embargo, esta primera fase del Concilio de Trento había logrado un paso sustancial hacia adelante, llevando a una reforma profunda de la enseñanza y la disciplina de la Iglesia.
A lo largo de su pontificado, el Papa Pablo visitó con frecuencia puntos conflictivos en los Estados Pontificios y más allá. Estuvo en Civitavecchia en 1535 y 1537; visitó a Lucca y Piacenza camino a Niza en 1538; apareció en Perugia para pacificar la ciudad después de que sus fuerzas rompieron el poder de la familia Colonna en 1540; y en 1543 visitó Bolonia en su camino a Busseto para encontrarse con el emperador.
