A fines del siglo XIX, las potencias europeas buscaban extender el control tierra adentro desde los territorios costeros que habían capturado previamente en África central. Bajo la influencia controladora del rey Leopoldo II de Bélgica, se estableció la Asociación Internacional Africana, que proclamó el Estado Independiente del Congo (o Estado Libre del Congo) en 1885. Su bandera, que data de 1877, era azul con una estrella dorada que simbolizaba un luz brillante en el "Continente Oscuro". Estados Unidos fue el primero en reconocer el estado y su bandera. El 30 de junio de 1960, su estado sucesor (el Congo Belga) se convirtió en un país independiente, y se agregaron seis estrellas amarillas a lo largo del polipasto de la bandera para representar las seis provincias. Cuando se modificó el número de provincias en 1963, la primera bandera se reemplazó por una con una franja diagonal roja bordeada de amarillo y, en la esquina superior del polipasto, una estrella amarilla más grande (el diseño de la bandera se alteró ligeramente en 1966).
En 1971, el presidente Mobutu Sese Seko cambió el nombre del país a la República del Zaire y creó una nueva bandera nacional: un campo verde con un disco amarillo con un brazo y una antorcha. El régimen de Mobutu fue derrocado en 1997 por una coalición revolucionaria bajo el liderazgo de Laurent Kabila, admirador del primer primer ministro del Congo independiente, Patrice Lumumba. Kabila ordenó que la bandera de Lumumba reemplazara la de Zaire a partir del 17 de mayo de 1997. El diseño recientemente restaurado ya no correspondía en su simbolismo a las realidades administrativas, ya que tenía seis estrellas y el país tenía ocho provincias. Sin embargo, recordó para los congoleños la restauración de sus esperanzas y principios originales desde el momento de la independencia en 1960.
El hijo de Kabila, Joseph, se convirtió en presidente tras el asesinato de su padre en 2001. Después de que el joven Kabila había aportado cierta estabilidad al país, proclamó la "Tercera República" del país el 18 de febrero de 2006. La bandera nacional de 1963–66 nuevamente se hizo oficial, aunque el campo era de un tono azul más claro.
