Antiguamente una colonia británica, Seychelles se independizó el 29 de junio de 1976. La bandera izada en ese momento tenía triángulos alternos de azul y rojo, separados por una cruz diagonal blanca. Quizás no por casualidad, esa bandera era casi exactamente la misma que la utilizada por la Compañía de Navegación de Vapor Unido de Australia, cuyos barcos visitaban regularmente las islas a principios del siglo XX. La bandera no duró mucho: una revolución tuvo lugar el 5 de junio de 1977, bajo la dirección del Partido Unido del Pueblo de Seychelles (SPUP). La nueva bandera tenía rayas horizontales de color rojo sobre verde separadas por una banda blanca ondulada, que era lo mismo que la bandera SPUP, excepto por la omisión de un sol amarillo en el centro.
En 1993, la presión de las potencias extranjeras condujo a la democratización del gobierno. El partido gobernante perdió su monopolio en las elecciones, y la participación de otros partidos en el gobierno llevó a una demanda de una bandera nacional menos partidista. El Parlamento aprobó un diseño que incorpora los colores de varios partidos en una bandera izada el 18 de junio de 1996. Los colores de la bandera son azul (para el cielo y el mar), amarillo (para el sol que da vida), rojo (para el las personas y su trabajo por la unidad y el amor), blanco (por la justicia social y la armonía) y verde (por la tierra y el medio ambiente).
