Iglesia Ortodoxa Japonesa, organismo autónomo de la Iglesia Ortodoxa Oriental, en relación canónica con el patriarcado de Moscú, lo que confirma la elección del metropolitano de Tokio. La Iglesia Ortodoxa Japonesa fue creada por los esfuerzos de un destacado misionero, Nikolay Kasatkin (1836-1912), quien se convirtió en el primer arzobispo ortodoxo de Japón y fue canonizado como santo en 1970.
Desde el comienzo de la misión (1872), la iglesia nunca dependió del personal misionero extranjero. Los sacerdotes japoneses son ordenados después de ser entrenados en un seminario en Tokio, y una asamblea de clérigos y laicos tiene el control total de los asuntos de la iglesia. Este carácter indígena de la ortodoxia japonesa le permitió sobrevivir a varios juicios políticos y períodos de aislamiento, como la guerra ruso-japonesa y las dos guerras mundiales. Entre 1945 y 1970 la iglesia estuvo bajo la jurisdicción eclesiástica del metropolitano ruso de América. En 1970 recibió un estatuto autónomo permanente del patriarcado de Moscú, su iglesia madre. La catedral ortodoxa de Tokio, llamada Nikolay Cathedral, por su fundador, Nikolay Kasatkin, es uno de los edificios religiosos más grandes de la capital japonesa. La iglesia, que cuenta con unos 30,000 miembros, tiene diócesis en Tokio, Kyōto y Sendai.
