Como arzobispo
Durante casi un año después de la muerte de Theobald, la sede de Canterbury estuvo vacante. Thomas era consciente de la intención del rey y trató de disuadirlo advirtiéndole lo que sucedería. Henry persistió y Thomas fue elegido. Una vez consagrado, Thomas cambió tanto su perspectiva como su forma de vida. Se volvió devoto y austero y abrazó el programa integral del papado y su ley canónica. Este cambio espectacular ha desconcertado a los historiadores, y se han intentado varias explicaciones: que Thomas estaba intoxicado por su ambición de dominar o que se arrojó, como antes, a un papel que había acordado interpretar. Es más simple suponer que finalmente aceptó las obligaciones espirituales que había ignorado como canciller y convirtió en un nuevo canal su energía mezclada, su fuerza de carácter, su impetuosidad y su ostentación. Para gran disgusto de Henry, inmediatamente renunció a la cancillería, pero se aferró a la archidéconería hasta que el rey lo obligó a renunciar.
Henry había estado en Normandía desde agosto de 1158 y, a su regreso en enero de 1163, Thomas comenzó la lucha oponiéndose a una propuesta de impuestos y excomulgando a un importante barón. Más seria fue su actitud en el asunto de los "empleados criminales". En Europa occidental, los clérigos acusados durante mucho tiempo habían disfrutado del privilegio de ser juzgados ante el obispo en lugar de los tribunales seculares y generalmente recibían castigos más leves de los que los tribunales laicos evaluarían. En Inglaterra antes de la conquista normanda, esta era todavía la costumbre. Si se los declara culpables en un tribunal eclesiástico, los clérigos pueden ser degradados o exiliados, pero no están sujetos a muerte o mutilación. Durante 60 años después de la conquista normanda, se sabe poco sobre el crimen clerical o su castigo, mientras que en el continente los reformadores gregorianos tienden a enfatizar el derecho exclusivo de la iglesia a tratar de castigar a los secretarios en las órdenes principales. La posición de Thomas, de que un obispo culpable podía ser degradado y castigado por el obispo, pero no debería ser castigado nuevamente por la autoridad laica, "no dos veces por la misma culpa", era discutible canónicamente y finalmente prevaleció. La afirmación de Henry de que el crimen clerical abundaba y que fue alentado por la ausencia de sanciones drásticas se considera justo para los lectores modernos. Pero debe recordarse que los motivos del rey eran autoritarios y administrativos en lugar de ilustrados. Sin embargo, se puede pensar que Thomas fue desaconsejado en su postura rígida sobre este punto.
La cuestión se unió en un consejo en Westminster (octubre de 1163), pero la crisis se produjo en Clarendon (Wiltshire, enero de 1164), cuando el rey exigió un asentimiento global a todos los derechos reales tradicionales, reducido a escribir bajo 16 cabezas y conocido como el Constituciones de Clarendon. Estos afirmaron el derecho del rey a castigar a los empleados criminales, prohibieron la excomunión de funcionarios reales y apelaciones a Roma, y le dieron al rey los ingresos de las sedes vacantes y el poder de influir en las elecciones episcopales. Henry estaba justificado al decir que Henry I había ejercido estos derechos, pero Thomas también estaba justificado al afirmar que contravenían la ley eclesiástica. Thomas, después de aceptar verbalmente las Constituciones de Clarendon, revocó su asentimiento y apeló al Papa, luego en Francia, quien lo apoyó mientras despreciaba la acción precipitada.
Pelea con Henry
Las buenas relaciones entre Thomas y Henry habían llegado a su fin; El arzobispo fue convocado a juicio por el rey en un punto de obligación feudal. En el Consejo de Northampton (6 al 13 de octubre de 1164), estaba claro que Henry tenía la intención de arruinar y encarcelar o forzar la renuncia del arzobispo. En esto fue alentado por algunos obispos, entre ellos Gilbert Foliot, obispo de Londres. Thomas huyó disfrazado y se refugió con Luis VII de Francia. El papa Alejandro III lo recibió con honor, pero dudó en actuar decisivamente a su favor por temor a arrojar a Henry a los brazos del emperador del Sacro Imperio Romano Federico I y su antipapa, Pascual III.
El exilio de Thomas duró seis años (2 de noviembre de 1164 – 2 de diciembre de 1170). Muchos de su distinguida familia se unieron a él y vivieron ascéticamente, primero en la Abadía de Pontigny y luego, cuando Henry amenazó a los monjes, en una abadía cerca de Sens. Mientras tanto, Henry se había apoderado de las propiedades del arzobispo y sus partidarios y había exiliado todo el estrecho contacto de Thomas. parientes En los años siguientes se hicieron varios intentos fallidos de reconciliación, pero los nuevos actos de hostilidad del rey y las declaraciones de excomunión lanzadas por Thomas a sus oponentes amargaron las luchas.
Los obispos estaban divididos, pero la mayoría de ellos, liderados por Foliot, eran hostiles a Thomas o dudaban en apoyarlo. Los legados papales intentaron mediar más de una vez, y el rey y el arzobispo se reunieron en Montmirail en 1169, solo para separarse de la ira. Thomas desconfiaba del rey y, a su vez, era odiado por él. En el mismo año, Henry hizo adiciones a las Constituciones de Clarendon, prácticamente retirando a Inglaterra de la obediencia papal. Finalmente, en 1170, hizo coronar a su hijo mayor como co-rey por el arzobispo de York, el antiguo rival de Becket.
Esta fue una violación flagrante de la prohibición papal y del derecho inmemorial de Canterbury de coronar al rey. Thomas, seguido por el papa, excomulgó a todos los responsables. Henry, temiendo un veredicto para Inglaterra, se encontró con Thomas en Fréteval (22 de julio), y se acordó que Thomas debería regresar a Canterbury y recibir de vuelta todas las posesiones de su sede. Ninguno de los partidos se retiró de su posición con respecto a las Constituciones de Clarendon, que en esta ocasión no fueron mencionadas. Este concordato "abierto" ha seguido siendo un evento inexplicable. Thomas regresó a Canterbury (2 de diciembre) y fue recibido con entusiasmo, pero las excomuniones de los criados reales hostiles, la negativa a levantar la excomunión de Roger de York y Foliot, y su aceptación inmediata de la aclamación tumultuosa por las multitudes enfurecieron a Henry en Normandía.
