Aunque hubo movimientos secesionistas en Panamá cuando era parte de Colombia durante el siglo XIX, no se reconoció la bandera panameña. En 1903, cuando el Senado de Colombia rechazó el tratado propuesto con los Estados Unidos que habría previsto la construcción de un canal de Panamá, los estadounidenses ayudaron al movimiento de independencia de Panamá, y se formó la República de Panamá.
Inicialmente, se propuso un diseño de bandera que utilizara los colores de la bandera colombiana. Consistía en franjas horizontales iguales de rojo y amarillo con un cantón azul con dos soles amarillos unidos, que simboliza la unión de las dos mitades del planeta por el futuro Canal de Panamá. El diseño de la bandera que finalmente se eligió se hizo oficial el 4 de julio de 1904; se dividía trimestralmente con dos estrellas. El simbolismo atribuido fue la alternancia de los dos principales partidos políticos en el gobierno (originalmente, el rojo era para los liberales, el azul para los conservadores y el blanco para la paz entre ellos), aunque los colores y las estrellas claramente insinuaban la influencia de la bandera de los Estados Unidos. La bandera panameña fue diseñada por Manuel E. Amador, hijo del primer presidente de la nueva república.
